הפנמ"צ שמה לה כערך עליון את חשיבות הדרך התורנית. הפנימייה רואה ומפתחת את השוחרים להיות "מ"פ בן תורה". כנגזרת מכך, הפנימייה מקיימת מגוון רחב של לימודים תורנים 'לשמה'. הפנימייה יונקת מתורתו של הרב קוק זצ"ל ומונהגת בדרכו של מו"ר הרב חיים דרוקמן זצ״ל.

• לימודי הלכה – עם מיקוד להלכות היום והשבת.
• לימודי תנ"ך – בדגש על ערכי מנהיגות מהנביאים – יהושע, שופטים, דוד ושלמה.
• שיעורי 'בניין האמונה'.
• שיחות עם רבנים, שו"תים 
  שיחות ברוחו של הרב דרוקמן זצ״ל
• דף יומי מדי בוקר.
• סדרי ערב.
• חבורה שבועית במסילת ישרים עם מפקד הפנימייה.
• 'משמר' לימוד בסופ"שים.
• פרוייקט 'סיומים' – לימוד מסכת מגילה עד פורים וסיום המסכת, משולב בשיחות
• לימוד עם הרב פרץ איינהורן מעמותת צל"ש – צבא לשם שמיים".